Ninh Phúc là một cảng hàng hoá nằm trên đầu mối giao thông thuỷ - bộ quan trọng tại khu vực rộng lớn phía Nam của các tỉnh Bắc bộ và phía Bắc của các tỉnh miền Trung thông qua tuyến sông Đáy ra biển Đông đi các tỉnh kéo dài từ Quảng Ninh tới Đà Nẵng và thông thương với các nước trong khu vực và quốc tế.

Việc xuất hiện của hàng loạt các khu công nghiệp Khánh Phú, Phúc Sơn, Tam Điệp, Gián Khẩu với hàng loạt nhà máy lớn ra đời như: Nhà máy xi măng Tam Điệp; xi măng Vinakansai; xi măng Hướng Dương; xi măng Duyên Hà; xi măng Bỉm Sơn; xi măng Long Sơn; nhà máy cán thép liên doanh Tam Điệp (công suất 120 tấn/năm); nhà máy phân lân nung chảy (công suất hiện tại khoảng 120 tấn/năm), nhà máy đạm Ninh Bình...; các cơ sở sản xuất gạch, ngói, hàng thủ công mỹ nghệ, chế biến nông - lâm sản xuất khẩu... là nguồn hàng đáng kể thông qua cảng hàng năm.

Cùng với việc đầu tư xây dựng cảng Ninh Phúc, tuyến luồng giao thông đường thuỷ trên sông Đáy, đặc biệt là cửa Đáy thông với biển cũng được nạo vét, cải tạo nâng cao độ sâu, lắp đặt hệ thống phao tiêu, báo hiệu, đèn báo cửa biển phục vụ tàu thuyền qua lại vào cảng một cách thuận lợi và an toàn. Vì vậy, lưu lượng phương tiện vận tải đường biển ra, vào cảng làm hàng ngày càng tăng lên.

Theo Quyết định Số: 2179/ QĐ-UBND của tỉnh Ninh Bình ngày 17 tháng 9 năm 2007 về việc phê duyệt Quy hoạch giao thông đường thuỷ nội địa tỉnh Ninh Bình đến năm 2015 và định hướng phát triển đến năm 2020 thì Cảng Ninh Phúc sẽ được mở rộng thành 2 khu vực do trung ương và địa phương quản lý. Cảng Ninh Phúc sẽ nằm dọc bờ hữu sông Đáy, qua địa phận các xã Ninh Phúc, Khánh Phú và Khánh Hòa. Đoạn mở rộng dài 2,5 Km.